Nietzsche ble født i Rökken i det daværende Preussen som sønn av en protestantisk sogneprest. Faren døde tidlig, og Nietzsche vokste opp som eneste hane i en kurv av høner, noe som kan forklare hans senere, temmelig kritiske bemerkninger om kvinner. Han startet med å studere teologi, men senere ble det klassisk filologi i Bonn og Leipzig. Etter anbefaling av sin lærer (Friedrich Ritschl) ble han allerede før sin slutteksamen kallet til professor i Basel.

Nietzsche var musikalsk begavet, og i 1868-69 ble han kjent med Richard Wagner. I møtet med et større musikkgeni ga Nietzsche opp sine egne komponistpretensjoner, og ble en av Wagners varmeste forkjempere i Europa. Fra 1876 av kjølnet forholdet, men Nietzsche bevarte alltid sin store beundring for komponisten Wagner. Det var mennesket og tenkeren han ikke lenger kunne akseptere.

I 1879 måtte Nietzsche si fra seg sitt professorat på grunn av dårlig helse. Han var meget nærsynt, og var hele livet plaget av migrene og magesmerter. I tillegg til det fysiske, aner en vel også solide sjelelige årsaker. Resten av sitt produktive liv, som varte i ti år, tilbrakte han i Sveits (Sils Maria) og Italia (Sorrento, Genova, Torino). Det var i denne perioden han skrev de verkene han senere ble kjent for.

I løpet av 1880-tallet ble det klart at Nietzsches plager også var av psykisk natur. Hans tenkning på tvers av tidens norm, og også dens manglende respons, krevde sitt. Samtidig kan han ha vært arvelig disponert for sinnsykdom eller til og med ha lidd av syfilis, selv om ikke noe av dette er bevist. Mot slutten av tiåret ble han klart verre, og i januar 1889 kollapset han på gaten i Torino. Hans sjel forsvant snart inn i det dypeste mørke, og han forble taus og uten evne til kontakt til han døde i 1900.

Etter sammenbruddet i 1889 ble Nietzsche hentet hjem til Tyskland av søsteren Elisabeth (Förster-Nietzsche). Hun tok over styringen av hans etterlatenskaper og den rest av liv han hadde igjen. Som en slags yppersteprestinne for en tiltakende kult og et økende rykte sorterte hun tilgangen til filosofens levende lik etter eget forgodtbefinnende. Hennes renommè i ettertiden har vært så dårlig, at en undres om hun kan ha vært så ille som alle sier. Nietzsche døde i Weimar i 1900, og ble senere begravet i fødebyen Rökken.